病原与宿主互作

产品简介
互作转录组测序分析（Dual RNA-seq）是指针对某一特定时间，两个以上相互作用的特定物种（主要是病原体与宿主）的总RNA进行提取，去除rRNA构建链特异性转录组文库，然后进行高通量测序分析，结合生物信息学方法，从转录水平分析特定物种之间的基因转录与调控的动态变化情况，从而深入分析物种间相互作用关系，挖掘相互作用机制。

技术路线
原核/真核互作：样本处理---总RNA提取---rRNA去除---链特异性文库构建---测序---生物信息分析
真核/真核互作：样本处理---总RNA提取---mRNA捕获---文库构建---测序---生物信息分析

分析内容
标准分析 
(1)基础数据处理
1.数据质控
2.去除低质量及接头序列
3.去除宿主及rRNA序列
(2)表达量分析
4.宿主基因表达分析
5.病原基因表达分析
6.差异表达分析
7.可变剪接分析
8.GO/KEGG分析
(3)互作分析
9.共表达分析
10.宿主与病原调控网络构建
(4)定制分析
11.根据研究需求定制分析内容

应用方向
植物病害与感病机理：通过互作转录组测序技术研究病原体侵染植物过程中，两者间差异表达的基因，探究其致病机理。
病原菌与宿主反应：通过互作转录组测序技术研究病原菌与宿主反应时的差异表达基因，探究宿主防御病原菌机制和病原菌入侵宿主致病机制。
物种共生机制：通过互作转录组测序技术研究物种共生的不同阶段的差异表达基因，发现一些信号分子、效应蛋白及相关通路，探究物种共生的分子互作机制。

交付标准
数据：6-10G raw data
分析：我们根据客户的需求提供不同的交付标准，分别为标准版和定制版。
周期：标准版40个工作日，其它标准根据样本情况确定。

样品要求
详细要求，请参考《基因帮样本采集建议》