病原与宿主互作

产品简介
三维宏基因组（Meta Hi-C）测序分析产品是将Hi-C技术与宏基因组测序进行结合，基于Hi-C的技术原理，对样本中的所有微生物样本进行固定交联、酶切消化、邻近DNA连接、捕获等处理获得空间上邻近的DNA片段，再进行宏基因组建库测序，继而通过生物信息学方法基于细胞内相互作用关系将同一微生物内的染色体、质粒和噬菌体等元件区分出来，进而可以辅助组装出完整基因组，绘制高分辨率的宿主、质粒与噬菌体的相互作用图谱。

技术路线
样品处理---交联固定---限制性酶切---MetaHiC建库------高通量测序----生物信息分析

分析内容
标准分析 
(1)基础数据处理
1.数据质控
2.去除低质量及接头序列
3.去除宿主及rRNA序列
(2)二代数据组装
4.序列组装，多样本构建非冗余集合
5.ORF预测与基因注释
(3)病毒及细菌序列鉴定注释
6.病毒序列鉴定注释
7.细菌序列鉴定注释
(4)病毒-细菌 Hi-C 互作关系
8.Contigs 互作关系网络的获取  
9.基于 contigs 注释结果的互作关系网络图  
10.基于细菌分箱（binning）注释结果的互作关系网络图

应用方向
噬菌体宿主定位与互作分析：利用MetaHiC技术将噬菌体与宿主DNA进行空间固定，一次测序直接将噬菌体与宿主的空间邻近关系确定下来，从而实现精准的噬菌体与细菌互作分析。
质粒、耐药基因与宿主关联：利用Hi-C技术同时将可移动元件（质粒、转座子、ARG等）与宿主进行交联固定，从而深入分析复杂微生物群落中的水平基因转移现象，如耐药基因转移等。

交付标准
数据：20G raw data
分析：我们根据客户的需求提供不同的交付标准，分别为标准版和定制版。
周期：标准版60个工作日，其它标准根据样本情况确定。

样品要求
人粪便：1g以上，每个样3-5管备用。
小鼠粪便：5粒，每个样3-5管备用。
土壤：不低于30g一管，每个样5-8管备用。
详细要求，请参考《基因帮样本采集建议》