特色病毒组

产品简介
真菌病毒组(fungal virome) 测序分析是指通过实验技术手段对各类型真菌样本中的病毒颗粒进行富集，然后提取病毒基因组进行高通量测序，通过生物信息分析鉴定与注释样本中各类型的真菌病毒的序列、丰度等信息，进而深入分析样本中真菌病毒的多样性、致病性、以及发现新的真菌病毒等。

真菌病毒(Mycovirus) 泛指可以感染真菌的病毒。多数真菌病毒都属于双链RNA病毒，约30%属于单链RNA病毒。

根据客户的不同需求，基因帮提供三种不同的方案。
病毒颗粒富集方案：操作相对复杂，成本较高，可降低宿主核酸占比，提高病毒reads数量，病毒基因组组装长度增加，测序深度提高，组装结果更可靠。并且可以同时检测DNA和RNA病毒，适用于探索真菌DNA病毒。
宏转录组方案：成本较低，但宿主RNA占比极高，病毒reads占比极低，病毒基因组覆盖度和测序深度较低，组装序列较短。
dsRNA富集方案：操作相对复杂，成本略高，可富集真菌病毒dsRNA，宿主占比降低，组装结果理论上优于宏转录组方案，但检测不到非双链的真菌病毒。

技术路线
病毒颗粒富集方案：
真菌样本处理---病毒颗粒富集---总核酸提取---DNA&RNA文库构建---高通量测序---生物信息分析

宏转录组方案：
真菌样本处理---总RNA提取---rRNA去除---链特异性文库构建---高通量测序---生物信息分析

dsRNA富集方案：
真菌样本处理---病毒RNA提取 ---单链RNA去除---文库构建---高通量测序---生物信息分析

分析内容
【基础版】
（1）基础数据处理
1. 数据质控
2. 去除低质量及接头序列
3. 去除宿主及污染序列
（2）病毒序列鉴定
4. 单样本序列组装
5. 多样本序列聚类
6. 基于reads的病毒鉴定 (Kraken2分析)
7. 基于contigs的病毒鉴定
（3）病毒组成及群落
8. 病毒定量及丰度统计
9. 病毒不同分类组成

【标准版】
10. α,β多样性 （需分组，每组>10个样本）
11. 特有及共有病毒
（4）组间比较分析
12. LefSe差异分析 （需分组，每组>10个样本）
13. MaAslin2差异分析 （需分组，每组>30个样本）
14. DESeq2差异分析 （需分组，每组>10个样本）

【定制版】
（5）RNA病毒进化分析
15.  编码基因预测与注释
16.与已知病毒的系统发育树分析
（6）个性化分析
17. 根据研究需要定制分析内容

说明：不同交付标准，提供的分析内容不同。

应用方向
新病毒发现：通过真菌病毒组测序发现真菌携带的未知病毒，丰富我们对病毒的认识与了解。
真菌病毒多样性：通过真菌病毒组测序分析真菌病毒的多样性以及组成情况。
生物防治：通过真菌病毒组测序探索真菌病毒与真菌生长的关系，为生物防治真菌病害奠定基础。

交付标准
数据：10G raw data
分析：我们根据客户的需求提供不同的交付标准。分别为标准版和定制版。
周期：标准版40个工作日，其它标准根据样本情况确定。

样品要求
详细要求，请参考《基因帮样本采集建议》（点击查看）