特色病毒组

产品简介
噬菌体组测序分析是指通过实验技术手段对各类型样本（如粪便、唾液、土壤和水体等）中的噬菌体颗粒进行富集，然后提取噬菌体基因组核酸，并进行高通量测序，通过生物信息手段组装鉴定出样本中噬菌体的序列，注释已知噬菌体和预测新噬菌体，并统计其丰度信息，进而探索噬菌体的功能、多样性、以及噬菌体对宿主及人体的影响等。

噬菌体 (phage) 是专一感染细菌的病毒，大部分噬菌体的核酸为双链DNA，所以噬菌体组测序默认情况下选择DNA病毒组建库的方案；如果有特殊研究需求，如只研究RNA噬菌体则应选择RNA病毒组建库，如需同时分析DNA噬菌体和RNA噬菌体时建议选择全病毒组建库。

技术路线
样本前处理---噬菌体颗粒富集---噬菌体核酸提取---文库构建---高通量测序---生物信息分析

分析内容
【基础版】
（1）基础数据处理
1. 数据质控
2. 去除低质量及接头序列
3. 去除宿主及污染序列
（2）噬菌体序列鉴定
4. 单样本序列组装
5. 多样本序列聚类
6. 噬菌体序列鉴定
（3）病毒组成及群落
7. 噬菌体定量及丰度统计
8. 噬菌体不同分类组成
9. α,β多样性 （需分组，每组>10个样本）
10. 特有及共有噬菌体
（4）组间比较分析
11. LefSe差异分析 （需分组，每组>10个样本）
12. DESeq2差异分析 （需分组，每组>10个样本）

【标准版】
13. MaAslin2差异分析 （需分组，每组>30个样本）
14. 疾病建模/marker筛选
（5）噬菌体与细菌互作分析
15. 噬菌体-宿主预测 （需对应宏基因组数据）
16. 噬菌体-宿主相关性 
17. 噬菌体-宿主互作网络 

【定制版】
（6）定制化分析
18. 根据研究需要定制分析内容

说明：不同交付标准，提供的分析内容不同。

应用方向
噬菌体多样性发现：通过噬菌体组学技术发现大自然中存在的噬菌体，并对不同来源的样品中的噬菌体组成结构进行分析。
噬菌体与人体的关系：通过噬菌体组学技术探索噬菌体与人类共生共存的机制，与细菌的相互作用，以及对人类健康的影响。
噬菌体与耐药菌治疗：通过噬菌体组学技术发现更多裂解性噬菌体，用于抗生素耐药细菌的治疗，造福人类。

交付标准
数据：10G raw data
分析：我们根据客户的需求提供不同的交付标准。分别为基础版、标准版和专业版。
周期：基础版 30个工作日，标准版40个工作日，专业版根据样本情况确定。
 

样品要求
1.粪便：样本量不低于200mg，尽量提供600mg（2ml冻存管半管左右），可分两管保存，小鼠粪便不低于5颗，大鼠样品不低于2颗；
2.鼻咽拭子：拭子1-2支；
3.人或动物组织：样本量不低于200 mg。
……
详细要求，请参考《基因帮样本采集建议》（点击查看）