病毒/微生物基因组

产品简介
细菌基因组测序分析是指针对单一细菌提取基因组DNA，构建测序文库，然后进行高通量测序，用生物信息学方法进行基因组组装、基因预测和功能注释，从而获得细菌的全基因组序列图谱或基于比对的方法，与近缘参考基因组进行比对，分析所测序菌株的SNP、InDel、SV等变异信息，从而进一步开展细菌耐药性、物种进化、种群特征、选择压力等分析研究。
如果需要细菌基因组组装到完成图水平，建议采用二代+三代测序的方案。

技术路线

分析内容
(一) 重测序分析内容（2代）
【基础版】
（1）基础数据处理
1.数据质控
2.去除低质量及接头序列
（2）比较基因组分析
3.与参考基因组比对
4.SNP/InDel检测及注释统计

【标准版】
5.系统发育分析
6.耐药性分析

【定制版】
7.根据研究需求定制分析内容

(二) 组装分析内容（2代+3代）
【基础版】
（1）基础数据处理
1.数据质控
2.去除低质量及接头序列
基因组组装
3.数据组装及评估
4.组装结果优化补洞
5.编码基因预测
6.基因组圈图绘制
（2）基因功能注释
7.基础功能注释（COG、GO、KEGG）
8.高级功能注释（CAZy、BiGG 和PFAM 数据库）

【标准版】
9.毒力因子分析
10.耐药基因分析

【定制版】
11.系统发育分析
（3）定制分析
12.根据研究需求定制分析内容

应用方向
细菌耐药分析：用二代测序从群体水平分析细菌耐药情况，为防控耐药基因传播提供思路。
细菌基因组组装：采用二代+三代测序的方案组装出完整的细菌基因组序列。

交付标准
数据：二代，1G raw data；三代，1G raw data。
分析：我们根据客户的需求提供不同的交付标准，分别为标准版和定制版。
周期：标准版 30个工作日，其它标准根据样本情况确定。

样品要求
核酸样本：要求无污染、无降解。二代浓度要求：10ng/μL，20μL以上。
三代测序总量≥2 μg，浓度≥ 50 ng/μL。
细菌活体：提供不低于1 mL的一管细菌，菌体数量≥ 1*10⁷个。