病毒/微生物基因组

产品简介
噬菌体基因组测序分析（ Phage WGS）是指针对分离纯化后的单一噬菌体提取基因组，并根据基因组的核酸类型（DNA或RNA）和单双链特点，采用不同的建库方案构建小片段文库，进行高通量测序，然后利用生物信息学方法进行组装、基因预测和功能注释，从而获得单病毒的全基因组序列图谱，进一步开展毒力因子、耐药性等其它方面的分析。

技术路线

分析内容
【基础版】
 (1）基础数据处理
1.数据质控
2.去除低质量及接头序列
3.去除宿主及杂质序列
 (2）基因组组装
4.基因组组装及评估
5. 编码基因预测
6.基因组圈图绘制
 (3）基因组注释
7.基础功能注释（COG、GO、KEGG）
8.高级功能注释（CAZy、BiGG 和PFAM 数据库）

【标准版】
 (4）毒力基因与耐药基因分析
9.毒力因子分析
10.耐药性分析
 (5）进化分析
11.噬菌体进化树绘制

【定制版】
 (6）比较基因组分析
12.与近缘噬菌体的比较基因组分析
 (7）定制化分析
13.根据研究需求定制分析内容

应用方向
噬菌体基因组组装：用二代测序直接组装出完整噬菌体基因组，助力噬菌体研究。
噬菌体治疗耐药菌：用噬菌体基因组测序分析，助力发现治疗耐药菌感染的优势噬菌体。

交付标准
数据：1G raw data
分析：我们根据客户的需求提供不同的交付标准，分别为标准版和定制版。
周期：标准版 30个工作日，其它标准根据样本情况确定。

样品要求
核酸样本：要求无细菌基因组污染，并且明确核酸类型：ssRNA、dsRNA、ssDNA、dsDNA。
浓度要求：5 ng/μL，20 μL以上。
噬菌体活体：如果是已知噬菌体请提供拉丁名及核酸类型，未知噬菌体需明确核酸类型。滴度不低于10⁶/mL，样本量不低于1 mL。
三代测序：核酸总量≥2 μg，浓度≥50 ng/μL。