绝对定量微生物组
二代及三代测序得到的丰度数据都是从原始测序数据均一化之后得到的相对丰度,即一百万条序列中物种的比例,也就是我们所说的相对定量(RMP),然而真实世界中的环境比较复杂,微生物的总量很难像基因表达一样可以在同一总量下进行比较,并且微生物的负荷对宿主的影响非常关键。在微生物组研究中只用相对丰度进行比较研究就会受到极大限制,所以绝对定量(QMP)在微生物组学研究中就显得极为关键,这也是为什么近年来众多科学家提出需要开展绝对定量研究的原因。
绝对定量扩增子
产品介绍
基因帮绝对定量扩增子产品采用的是 qPCR 法,即通过高通量测序得到的相对丰度和定量 PCR 获得的总微生物(细菌)数量实现各种微生物的绝对定量。基于基因帮优化设计的微生物定量PCR体系,对广泛的16S rRNA/ITS 基因开展定量 PCR 检测,再结合特定 16S rRNA/ITS 基因标准品绘制的标准曲线来评估细菌总量,并对同一样本进行高通量 16S/ITS 测序获得各细菌/真菌的相对丰度,最后通过基因的拷贝数较正来计算各细菌/真菌的绝对数量,能够一次获得所有细菌/真菌的绝对定量结果,包括总数量和每种微生物的数量。
优势
不受外源序列影响,测序结果更准确。采用独立的 qPCR 体系,不引入外源序列,保持样本原始状态,测序可以获得更准确的相对丰度。
结果各自独立,互不干扰。独立的 qPCR 体系和独立的测序体系,同一份样本的两个结果相互独立,互不干扰,可独立分析也可以合并分析。
技术标准
实验流程

分析流程

交付标准
数据:二代:5W条拼接序列;三代:5W条CCS序列
分析:扩增子测序分析报告(标准分析+绝对定量分析及联合分析)
周期:30 个工作日

案例文献:Quantitative PCR provides a simple and accessible method for quantitative microbiota profiling
本研究从38名成人的粪便样本中提取DNA,利用Illumina MiSeq平台对16S rRNA 基因的 V3-V4 区域进行测序,并运用 qPCR 对总细菌及特定菌种进行定量,并将 NGS 检测到的物种的相对丰度乘以总细菌计数来定量各个物种的绝对丰度。通过将丁酸产生细菌的绝对丰度与 qPCR 确定的丁酰辅酶A:乙酸辅酶A转移酶基因的丰度相关联,展示了 qPCR 基础的定量微生物组分析也可以用来更精确地估计特定微生物群功能。
