绝对定量微生物组
二代及三代测序得到的丰度数据都是从原始测序数据均一化之后得到的相对丰度,即一百万条序列中物种的比例,也就是我们所说的相对定量(RMP),然而真实世界中的环境比较复杂,微生物的总量很难像基因表达一样可以在同一总量下进行比较,并且微生物的负荷对宿主的影响非常关键。在微生物组研究中只用相对丰度进行比较研究就会受到极大限制,所以绝对定量(QMP)在微生物组学研究中就显得极为关键,这也是为什么近年来众多科学家提出需要开展绝对定量研究的原因。
绝对定量病毒组
简介
基因帮绝对定量病毒组采用内参法,即通过高通量测序得到的相对丰度和内参噬菌体的数量实现绝对定量。在样本中加入已知滴度的特有内参噬菌体,与样本同时进行病毒颗粒富集、提取,建库和高通量测序,最后通过各病毒的序列与内参噬菌体序列的比值,来计算各个病毒的绝对数量,能够一次获得所有病毒的绝对定量结果,包括所有病毒总的数量和每种病毒的数量。
产品优势
1. 定量结果更准确。因为采用的是内参噬菌体,而不是内参DNA序列,从而确保整个实验过程中富集、提取等步骤不影响最终定量的准确性。
2. 样本类型更广泛。基因帮定量技术不受样本类型的影响,不管是什么类型的样本,只要采用基因帮病毒组测序方案,都可以实现病毒绝对定量。
技术标准
实验流程

分析流程

交付标准
数据:10G raw data
分析:我们根据客户的需求提供不同的交付标准。分别为标准版和定制版。
周期:标准版 40 个工作日,其它标准根据样本情况确定。
案例文献:Abundance measurements reveal the balance between lysis and lysogeny in the human gut microbiome
本文研究者结合了多种数据类型,定量估计了人体肠道噬菌体的种群动态和生活方式特征,其中对病毒样颗粒(VLP)的定量使用了2种方法,其中一种是将已知滴度的肠道参考噬菌体与VLP混合后进行测序,通过比较参考与非参考噬菌体的测序读数比例来定量噬菌体数量,如下图中的Particle genomes的结果。
