传统微生物组

产品简介
宏转录组测序分析（Metatranscriptome Sequencing）是指针对某一时间、某一特定环境中微生物群体总RNA进行提取，去除rRNA构建链特异性转录组文库，然后进行高通量测序分析，结合生物信息学方法，从转录水平研究微生物群落变化和微生物发挥功能的活性基因。

技术路线
样本处理---总RNA提取---rRNA去除---链特异性文库构建---高通量测序---生物信息分析

分析内容
【基础版】
(1)基础数据处理
1.数据质控
2.去除低质量及接头序列
3.去除宿主及rRNA序列
(2)二代数据组装
4.序列组装，多样本构建非冗余集合
5.基因预测及表达量分析
(3)物种与功能注释
6.NR、KEGG、eggNOG 数据注释 
7.CAZy、ARDB 数据库注释 
8.毒力因子数据库注释 
(4)物种与功能组成分析
9.多样本比较UpSetR 图 
10.物种Heatmap 图 
(5)多样本比较分析
11.主成分分析（PCA）
12.主坐标分析（PCoA）
13.非度量多维度尺度分析（NMDS）
14.相似性分析（ANOSIM）
15. 置换多因素方差分析（PERMANOVA）
16.多响应置换过程分析（MRPP） 
17.多元分散置换检验（PERMDISP） 
(6)物种与功能差异分析  
18.Wilcoxon 秩和检验 
19.组间LEfSe 差异判别分析

【标准版】
(7)其它分析
20.环境因子关联分析（可选）
21.网络分析

【定制版】
22.根据研究需求定制分析内容

应用方向
人体微生物与疾病的关系：通过宏转录组技术探索人体微生物群落与疾病之间的作用关系，为疾病提供新的生物标志物。
微生物与肿瘤的关系：通过宏转录组学技术探索微生物与肿瘤发生、发展与治疗的关系，为肿瘤的预防、诊断和治疗提供更多思路。
胁迫环境下微生物群的响应机制：通过宏转录组技术挖掘多基因、多信号途径和代谢过程的机制，对时序表达的差异基因进行共表达分析，锁定主要代谢途径、找出关键调控因子，有助于加快解析微生物群响应胁迫的机制。
微生物活性物质开发：通过宏转录组技术从转录组水平分析微生物活性基因的表达，筛选出高表达的活性基因及活性物质。
环境污染监控与生物修复：通过宏转录组技术分析微生物种群多样性，检测和评价环境健康；挖掘降解基因和功能菌株，进行生物修复。

交付标准
数据：6-10G raw data
分析：我们根据客户的需求提供不同的交付标准，分别为标准版和定制版。
周期：标准版40个工作日，其它标准根据样本情况确定。

样品要求
详细要求，请参考《基因帮样本采集建议》